水沙科学教育部重点实验室于2000年8月经国家教育部正式批准成立。实验室以理工结合为特色，将基础与应用研究相结合，着眼国际前沿，服务社会经济发展。研究方向包括（1）水沙运动及其地表过程；（2）水沙运动及其环境效应；（3）水体污染治理与系统修复。

水沙科学教育部重点实验室定位于应用基础研究，注重原始创新，同时十分重视成果转化工作。实验室研究具有鲜明的水利科学与环境科学交叉的特点。近年来，实验室以“水沙+”为核心，围绕水沙运动及其生态环境效应和水污染控制与河流生态修复重点研究方向，牵头承担了一系列国家重要科研项目，如国家基金委创新群体项目、国家重点研发计划项目、国家科技重大专项、国家自然科学基金委重大研究计划重点项目等，带动众多学术团队面向国家重大需求开展了重大问题研究，取得了一系列创新成果，服务国家战略和社会经济发展。

实验室锐意进取、持续创新，人才队伍不断加强。实验室现有固定人员49名，其中，正高级37名，副高级10人，50岁以下的中年中坚力量31人。包括中国科学院院士、中国工程院院士、国家杰出青年基金获得者、教育部“长江学者”特聘教授，国家“万人计划”科技创新领军人才入选者、国家优秀青年基金获得者等。